Este órgano se encuentra en una tribuna frente al altar de la Basílica, encastrado en el muro.
El instrumento fue realizado en Logroño por Pablo de Salazar, en 1798, para el monasterio de Vileña (Burgos), habiendo sido restaurado en el taller de Manuel Luengo Flores para su posterior instalación en su actual ubicación en el año 2012, tras ser donado por Rodrigo de Zayas-Enríquez Harrison y su esposa Anne Perrett, quienes lo compraron en su día al citado monasterio. Fue bendecido nuevamente para la Basílica el 7 de Noviembre de 2012.
Su fachada principal muestra cinco castillos, siendo torreones el central y extremos. Bajo cada uno de estos torreones extremos se despliega un abanico de trompetería horizontal a una fila, mientras que bajo el torreón central, el abanico es a doble fila.
Posee una consola en ventana con un teclado y dos grupos de tiradores de registros.
Se accede al interior del mueble a través de diversas puertas laterales y en su contrafachada.
Se encuentra operativo, siendo tocado en algunas celebraciones litúrgicas.