Al igual que el órgano arriba descrito, este órgano se sitúa sobre el el coro de la nave central, pero en este caso entre ésta y la nave lateral del Evangelio. Del mismo modo, su caja se encuentra en posición exenta, pero adosada en su lateral derecho a un arco existente sobre dicho coro de forma simétrica con el instrumento al que se enfrenta.
Este instrumento, realizado supuestamente por el maestro Chavarría a mediados del s. XVIII y restaurado posteriormente por Gerhard Grenzing, habría sido sustituido por el órgano neoclásico pero, por fortuna, no llegó a desmantelarse, constituyendo un valioso y sobresaliente complemento organístico y ornamental dentro de su iglesia.
Su caja, de estilo barroco churrigueresco, está coronada por un medallón de la cruz de Malta o de San Juan.
Se compone de un órgano mayor y órgano de cadereta.
Las transmisiones de teclado y registros son mecánicas, disponiendo de una consola formada por un doble teclado, tiradores de registros, una rodillera y un grupo de pedales para contras.
Su fachada frontal muestra cinco castillos de tubería, siendo del tipo torreón el central y extremos; y planos de doble campo los intermedios. El superior de estos de doble campo contendrían tubos canónigos. La fachada lateral izquierda también contiene un castillo plano de tubos.
Su trompetería horizontal se distribuye en cinco grupos diferenciados bajo cada uno de los castillos a una sola fila.
La cadereta de espalda, de diseño y distribución muy parecidos al de la caja principal, dispone en su fachada de tres castillos de tubería, siendo torreón el central. Sus fachadas laterales contienen sendos castillos planos de tubería. Los tiradores de registros correspondientes a dicha cadereta se localizan a ambos lados del asiento del organista.
En su contrafachada, exenta de cañería, se encuentran las puertas de acceso a la caja, localizándose tras dicha contrafachada la motobomba para la alimentación de viento, así como la palanca del fuelle.