Este instrumento se sitúa detrás del altar mayor, en una tribuna lateral del Evangelio, sobre la sillería del coro capitular.
Aunque se desconoce la autoría y datación de este órgano, se podría conjeturar que sería construido por Francisco de Molina en torno a 1778.
En el año 1915, el organero Blas de Beracoechea pudo añadirle una caja de ecos para un registro de voz humana, no habiendo tenido otras alteraciones hasta la actualidad.
Su caja, de estilo barroco, muestra en su fachada frontal cinco castillos, siendo torreones los extremos y central; y planos de doble campo, los intermedios. Éstos canónigos.
No tiene contrafachada, sino un tabique de obra en su trasera que lo separa de una estancia trasera donde se localiza el fuelle de doble cuerpo, lugar por donde debe pasarse para acceder a la tribuna, y donde existe un hueco desde el que puede observarse la mecánica del instrumento. También es posible el acceso desde una puerta frontal, actualmente fija. Igualmente, algunas tapas frontales desmontables dan acceso a las arcas de viento, reducción del teclado y otros elementos internos.
La parte superior de la caja es extraordinariamente bella, en color dorado y coronada con el símbolo de María. El pintado dorado es posterior a su origen, por lo que su aspecto primitivo podría estar oculto.
La transmisión de registros y teclado son mecánicas, aunque la transmisión de teclado para el registro de voz humana es neumática, conteniéndose los tubos de éste dentro de una caja de ecos elevada.
Unos orificios bajo cada uno de los cinco castillos manifiestan que tuvo una trompetería horizontal a una fila y en cinco grupos.
Dispone de una consola en ventana compuesta de un teclado, dos grupos de tiradores de registros, una anilla para campanillas, una rodillera para accionamiento de la caja de ecos y un grupo de pisas para contras.
A pesar de contener casi la totalidad de su cañería interior, el órgano lleva tiempo sin funcionar.